超臨界萃取技術相比其他的萃取技術有很多技術無法取代的優點，在中藥行業更是如此。用超臨界二氧化碳萃取技術進行中藥研究開發及產業化，和中藥傳統方法相比，具有許多獨特的優點。
1. 萃取能力強，提取率高。用超臨界二氧化碳提取中藥有效成分，在最佳工藝條件下，能將要提取的成分幾乎完全提取，從而大大提高產品回收率和資源的利用率。同時，隨著超臨界二氧化碳萃取技術的不斷進步，全氟聚醚碳酸銨的應用，把超臨界二氧化碳萃取擴展到水溶液體系，使得難以提取的強極性化合物如蛋白質等的超臨界二氧化碳提取已成為可能。
2. 萃取能力的大小取決于流體的密度、溫度和壓力，改變其中之一或同時改變，都可改變溶解度，可以有選擇地進行中藥中多種物質的分離，從而可減小雜質，使中藥有效成分高度富集。
3 . 超臨界二氧化碳臨界溫度低，操作溫度低，能較完好地保存中藥有效成分不被破壞，不發生次生化。因此，特別適合那些對熱敏感性強、容易氧化分解破壞的成分的提取。
4 . 提取時間快、生產周期短。超臨界二氧化碳提取（動態）循環一開始，分離便開始進行。一般提取10分鐘便有成分分離析出，2-4小時左右便可完全提取。
5. 超臨界二氧化碳提取，操作參數容易控制，因此，有效成分及產品質量穩定。
6. 超臨界二氧化碳還可直接從單方或復方中藥中提取不同部位或直接提取浸膏進行藥理篩選，開發新藥，大大提高新藥篩選速度。同時，可以提取許多傳統法提不出來的物質，且較容易從中藥中發現新成分，從而發現新的藥理藥性，開發新藥。
7. 超臨界二氧化碳還具有抗氧化、滅菌作用，有利于保證和提高產品質量。
8. 超臨界流體萃取應用于分析或與GC、IR、MS、LC等聯用成為一種高效的分析手段。將其用于中藥質量分析，能客觀地反映中藥中有效成分的真實含量。
9. 超臨界二氧化碳萃取工藝，流程簡單，操作方便，節省勞動力和大量有機溶劑，減小三廢污染，這無疑為中藥現代化提供了一種高新的提取、分離、制備及濃縮新方法。
經藥理、臨床證明，超臨界二氧化碳提取中藥，不僅工藝上優越，質量穩定且標準容易控制，其藥理、臨床效果能夠保證或更好。
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